Loài bướm phượng Vương hậu Alexandra được IUCN liệt kê vào danh sách các loài có nguy cơ tuyệt chủng,[1] bị giới hạn ở khoảng 100 km2 (40 dặm vuông Anh) của rừng nhiệt đới ven biển gần Popondetta, tỉnh Oro, Papua New Guinea, mặc dù các báo cáo cho thấy mẫu vật đầu tiên mà Meek thu thập được ghi nhận vào tháng 1 năm 1906 từ một nơi điển hình gần Biagi ở đầu nguồn sông Mambare.[19][20][25][26] Tuy nhiên, nó rất phong phú tại địa phương và cần có rừng nhiệt đới phát triển lâu đời để tồn tại lâu dài. Mối đe dọa chính đối với loài này là sự phá hủy môi trường sống của các đồn điền cọ dầu, mở rộng đất nông nghiệp và khai thác gỗ.[21] Tuy nhiên, vụ phun trào của núi Lamington gần đó vào những năm 1950 đã phá hủy một khu vực rộng 250 km2 trong môi trường sống trước đây của loài này và là lý do chính dẫn đến tình trạng hiếm gặp hiện nay.[21]

Loài này được các nhà sưu tập đánh giá cao và vì sự quý hiếm của nó, loài bướm này được bán với giá rất cao trên thị trường chợ đen, theo báo cáo là 8.500-10.000 đô la Mỹ tại Hoa Kỳ vào năm 2007.[27] Năm 2001, nhà nghiên cứu nổi tiếng người Canada, Gilles Deslisle, đã bị phạt 50.000 đô la Canada vì nhập khẩu trái phép sáu mẫu vật của loài này.[28] Năm 2007, "kẻ buôn lậu bướm toàn cầu" Hisayoshi Kojima đã nhận 17 tội danh sau khi bán một số loài bướm có nguy cơ tuyệt chủng, bao gồm một cặp bướm phượng Vương hậu Alexandra với giá 8.500 đô la Mỹ, cho một đặc vụ của Cục Cá và Động vật hoang dã Hoa Kỳ.[27]

Những người sưu tập ban đầu thất vọng vì độ cao mà con trưởng thành bay vào ban ngày khiến việc sưu tập trở nên khó khăn và thường sử dụng súng ngắn để hạ mẫu vật,[29] nhưng vì những người sưu tập yêu cầu mẫu vật chất lượng cao cho bộ sưu tập của họ nên hầu hết các mẫu vật đều được nuôi từ ấu trùng hoặc nhộng.

Mặc dù những người sưu tập thường liên quan đến sự suy giảm của loài này, nhưng sự phá hủy môi trường sống là mối đe dọa chính.

Loài này được liệt kê trong Phụ lục II của CITES vào năm 1986, và sau đó là Phụ lục I vào năm 1987. điều đó nghĩa là buôn bán thương mại quốc tế là bất hợp pháp. Tại cuộc họp năm 2006 của Ủy ban Động vật CITES, một số ý kiến đề xuất nên chuyển nó về Phụ lục II (cho phép hạn chế buôn bán loài này), vì lợi ích bảo tồn của quản lý bền vững có lẽ cao hơn so với lợi ích của lệnh cấm buôn bán.[30] Đồng thời, loài này cũng được bảo vệ bởi luật pháp ở Papua New Guinea từ năm 1966.[21]